绩效考评的方法多样且各有优缺点，医院应充分考虑现有文化、人员能力、考评数据的正确性及方便性，慎重选择评核方式。

例如，科室是否已完成科室愿景，长短期发展策略及执行方案如何？如果没有，则不宜采用平衡计分卡。科室是否已建立各阶段目标，目标设定是否具有科学性及可行性？如果没有，就不宜采用目标管理法。（绩效评估方法详解见《医院永续经营》第三章第四节）

多数医院都是在运营了一段时间后发现瓶颈或问题，才考虑进行绩效考核制度的建立或改进，由于受制于现有工作量与薪酬、奖金的关系，无论民营还是公立医院都很难无视现状而大幅度做调整。因此，对选择什么期间的工作量、薪酬、奖金额度做绩效改革的参照标准也需谨慎考量。

一般选择近三年业务数据或近三年中业务最好的一年做基准；由于不同地区医院各季度的业务量会有显著差异，所以，基准期最好选择连续12个月。此外，近年来各地区都进行不同程度的医疗物价调整，所以，也必须将该期间的收入依新物价进行调整。

医院现有各科室的业务量与人力配置并非都是完全匹配的，所以，各科室人员工作负荷往往也差异很大，但医院为求内部公平，对工作负荷低的科室，往往进行绩效奖金保障。如果依照既往工作量、薪酬、奖金做基准，工作负荷低的科室，由于绩效标准低，未来服务量成长时，其绩效奖金的成长必然会大于业务量的成长，如此，对既往工作负荷高的科室是非常不公平的。

因此，在选定绩效参照期后，必须对各科室人员与工作进行合理化，针对工作负荷低的科室，在各成长期的绩效核算要采取阶梯型的调整，避免造成上述不公平的现象。

考评指标是绩效制度的指挥棒。医院各科室工作方法、工作目的都不同，承担的职责也不同，所以，不能用相同的项目来考评。

绩效制度是否能产生效果，很大程度上在于考核结果是否能调动人员积极性。所以，绩效制度设计时，必须考虑被考评部门奖金来源与考评部门的激励目标是否一致；且被考评部门绩效目标达成与否，所带来奖金差异的大小是否适当。差异越大，激励效果越好，差异越小，激励效果越差。

绩效奖金是员工薪酬的一部分。绩效奖金占员工薪酬比例的大小，会影响员工对绩效制度的重视程度。然而，并非医院各部门绩效奖金占薪酬比例都是相同的，而是要依科室工作性质而定。