医院药学部承载医院在医疗（药学服务质量）、教学、以及科研三大任务，而药学部按实际工作需要又分别涵盖调剂、临床药学服务、物流、生产、质检以及科研等各项工作，药学部组织最大特色在于具有调剂、制剂、质检、临床药学、药库的多样分工（见下图），就像一家企业旗下有多个功能单位，不单只提供药品调剂服务（药房）、也有生产车间（制剂）、品管（质检）、物流运输（药库）等工作，并为医院内外部客户（病患、医护人员）提供临床药学服务。除了满足医院日常药品供应业务之外，也要付出时间心力在医院药学质量管理、医院科研等工作，所以，在工作流程上，需要把上述职能通过流程一一体现，既要达到效果（例如合理用药），也不能降低效率（例如病患取药时间）提出挑战。同时，也对药学部管理带来一定的复杂性和挑战。以某三级医院药学部为例，其下设置各部门大致为:

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